La diversidad de recursos genéticos es un logro de los grupos humanos aborígenes, que durante un proceso de al menos 10 000 años han domesticado especies de la fauna y plantas nativas que han seleccionado y adaptado a los pisos ecológicos.
Es el primer país en variedades de papa (9 especies domesticadas y unas 3 000 variedades), de ajíes (5 especies domesticadas y decenas de variedades), de maíz (36 ecotipos), de granos, tubérculos y raíces andinos. Es el mayor centro de diversidad genética del algodón de América del Sur o algodón peruano (gossypium barbadense), que es un insumo de material genético imprescindible para el mejoramiento de los algodones cultivados, como el pima y el tangüis. Tiene un muy alto sitial en frutas (623 especies), cucurbitáceas, plantas medicinales (1 408 especies) y ornamentales (1 600 especies), y plantas alimenticias (unas 1 200 especies). Posee 5 formas de animales domésticos: la alpaca, forma doméstica de la vicuña (lama vicugna) y cruzada con llama; la llama, forma doméstica del guanaco (lama guanicoe); el cuy, forma doméstica del poronccoy (cavia tschudii); el pato criollo, forma doméstica del pato amazónico (cairina moschata); y la cochinilla (dactilopius coccus).
En el Perú se ha producido un largo proceso de domesticación de plantas y animales, y nuestro país es uno de los centros mundiales de origen de la agricultura y de la ganadería. En el Perú existen unas 182 especies de plantas domesticadas nativas, de las que 174 son de origen andino, amazónico y costeño, y 7 de origen americano, introducidas hace siglos. Las de origen amazónico son 85 especies, que representan el 46,96% del total. Las de origen andino son 81 especies, y suman el 44,75%. Las de origen costeño son 8 especies, el 4,43% del total.